Estás completamente confundido.
FLARToolKit y el starter-kit son la misma cosa. El starter-kit es como un ejemplo que viene con las librerías de FLARToolKit, sólo que nos valemos de ese ejemplo para continuar desarrollando en base a este.
FLARManager también tiene que ver con FLARToolKit; para describirlo y hacerlo entendible, podríamos decir que son unas librerías para trabajar más fácilmente con FLARToolKit (lo que se conoce como framework).
En cuanto a licencia, en la página de FLARToolKit dice claramente que si haces uso comercial, se debe comprar la licencia comercial de ARToolKit (que es algo así como el papá de FLARToolKit).